Кілійське управління водного господарства є бюджетною неприбутковою організацією з правом одерження власних прибутків, підпорядковується Одеському облводгоспу, належить до сфери управління Державного комітету України по водному господарству.

Засноване у 1949 році Придунайське системне експлуатаційне управління з 1968 року перейменовано у Придунайське управління експлуатації зрошувальних земель, у 1980 році – Придунайське управління зрошувальних систем, а з 6.04.05р. наказом № 63 – П Одеського обласного управління водного господарства Придунайське управління зрошувальних систем перейменовано у Кілійське управління водного господарства.
Керівники:

- Медведєв Олександр Сергійович 1949 – 1951 рр.
- Панін Ісай Михайлович 1951 – 1966 рр.
- Степаненко Олександр Михайлович 1966 – 1970 рр.
- Кощеєв Миколай Миколайович 1970 – 1971 рр.
- Крижний Іван Петрович 1971 – 1973 рр.
- Стоянов Федір Іванович 1973 – 1985 рр.
- Хомов Костянтин Олександрович 1985 – 1986 рр.
- Іваненко Олександр Панасович з травня місяця 1986 і по теперішній час очолює колектив Кілійського управління водного господарства.

У своїй діяльності управління керується Конституцією України, законами України, актами Президента України, Кабінету України, рішеннями Одеського облводгоспу   та актами Держводгоспу.

Кілійське управління є юридичною особою, має самостійний баланс, розрахунки в установах Державного казначейства та банків, печатку зі своїм найменуванням.

Управління у межах своїх повноважень забезпечує на території області вирішення питань у сфері використання, збереження та відтворення водних ресурсів

Основну діяльність Кілійське управління водного господарства здійснює за наступними напрямами:
- забезпечення водою зрошувальних земель;
- меліоративне та гідрогеологічне обслуговування зрошувальних та осушних систем;
- захист населених пунктів та сільськогосподарський угідь від затоплення
- управління водними ресурсами та збереження;
- забезпечення населених пунктів питною водою;
- моніторинг поверхневих вод;